მთავარისაქართველოს უნივერსიტეტის საშუალო სკოლის მიზანია სწავლების თანამედროვე მეთოდების გამოყენებით აღზარდოს განათლებული, წარმატებული და კონკურენტუნარიანი ახალგაზრდობა. ჩვენს სკოლაში მიღებული ცოდნით, მოსწავლეებს ექნებათ კულტურული ღირებულებების შეფასების და კრიტიკული აზროვენბის უნარ-ჩვევები, რაც მომავალში ხელს შეუწყობს მათ წარმატებას და წარმოჩინებას პროფესიული მოღვაწეობის სფეროში. სწორად დაგეგმილი სასწავლო პროცესისა და პრაქტიკული მეცადინეობის საფუძველზე მოსწავლეები შეძლებენ სწავლა გააგრძელონ ქვეყნის და უცხოეთის ნებისმიერ პრესტიჟულ უმაღლეს სასწავლებელში.
მოსწავლის განვითარების ხელშეწყობაზე ორიენტირებული “საქართველოს უნივერსიტეტის საშუალო სკოლის“ მისიაა: განათლებული,ჰუმანური იდეალებითა და პატრიოტული გრძნობით აღჭურვილი, ანალიტიკურად და შემოქმედებითად მოაზროვნე ღირსეული მოქალაქის აღზრდა, რომელსაც თავისუფლად შეეძლება სკოლაში მიღებული ცოდნისა და უნარ-ჩვევების მეშვეობით საკუთრი შესაძლებლობების რეალიზება შემდგომი პიროვნული განვითრებისთვის: იქნება ეს ერთიანი ეროვნული გამოცდებისა და საუნივერსიტეტო სწავლების დაძლევა, თუ სხვა სასწავლო-საგანმანათლებლო პროგრამებში წარმატებით მონაწილეობა.