საქართველოს უნივერსიტეტი თანამშრომლობს საქართველოს კერძო და სახელმწიფო უნივერსიტეტებთან. იგი არის ერთ-ერთი ინიციატორი საქართველოს კერძო უნივერსიტეტების ასოციაციის დაფუძნებისა, რომელშიც შედიან:
თბილისის თავისუფალი უნივერსიტეტი, კავკასიის უნივერსიტეტი, შავი ზღვის საერთაშორისო უნივერსიტეტი და ქართულ–ამერიკული უნივერსიტეტი. ასოციაციის თავმჯდომარეა საქართველოს უნივერსიტეტის სამეურვეო საბჭოს თავმჯდომარე პროფესორი გიული ალასანია.
გაფორმებულია მემორანდუმები სხვადასხვა უმაღლეს სასწავლო და კვლევით დაწესებულებასთან. მათ შორის:
ასევე გაფორმებული აქვს ურთიერთთანამშრომლობის ხელშეკრულებები და მემორანდუმები სხვადასხვა, როგორც ქართულ, ისე საერთაშორისო ორგანიზაციებთან, დაწესებულებებთან და ბანკებთან.